Sejarah Madrasah
Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 1 Kota Gorontalo adalah alih fungsi pendidikan Guru Agama Negeri (PGAN), salah satu dari 90 buah PGAN yang terbesar di seluruh Indonesia berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 64 Tahun 1990 tertanggal 25 April 1990.
Sejarah perkembangan PGAN ini dapat diuraikan sebagai berikut:
Pada tahun 1961 di Kabupaten Gorontalo yang berlokasi di Desa Hutu'o dengan nama Dehuwalolo, telah berdiri PGAN 4 Tahun berdasarkan SK Kepala Jawatan Pendidikan Agama Jakarta No. 2 Tahun 1961 tertanggal 24 Mei 1961, dengan Kepala Sekolah adalah Bapak Muhad.
Dalam perjalanannya di tahun 1964, PGAN 4 Tahun tersebut menjadi PGAN 6 Tahun Gorontalo di bawah kepemimpinan Almarhum Bapak Mohammad Podungge. Tahun 1964, PGAN 6 Tahun tersebut dilaksanakan Ujian Terakhir dengan menamatkan peserta didik perdananya sebanyak 20 peserta didik dengan istilah Tahun Darurat. Dinamakan Tahun Darurat karena ujian akhir dilaksanakan pada pertengahan tahun pelajaran, hal ini disebabkan karena tamatan-tamatan PGAN 6 Tahun segera diangkat menjadi Guru Agama. Keadaan ini berlaku untuk PGA Seluruh Indonesia pada saat itu.
Tahun pelajaran 1966, oleh Pimpinan PGAN 6 Tahun (Almarhum Mohamad Podungge) PGAN 6 Tahun tersebut dipindahkan dari Kabupaten Gorontalo ke Kota Gorontalo dan disambut oleh Pemerintah Daerah yang pada waktu itu Bapak Taki Niode selaku Walikota sekaligus menempatkan lokasinya di Kelurahan Molosipat U Kecamatan Kota Utara Kota Gorontalo dimana tanah dan bangunannya sekarang ditempati oleh Madrasah Tsanawiyah Negeri Gorontalo.
Tahun 1978 PGAN 6 Tahun Gorontalo dengan adanya SK Menteri Agama RI No. 19 Tahun 1978 dilebur menjadi Lembaga Madrasah Tsanawiyah Negeri Gorontalo yang tediri dari Kelas I, II, III sedangkan Kelas IV, V, VI menjadi PGA Negeri Gorontalo dan dibangun di atas tanah seluas 3998 Meter. Pada Tahun Pelajaran 1990/1991 PGA Negeri Gorontalo beralih menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Gorontalo SK Menteri Agama RI No. 64 Tahun 1990 tertanggal 25 April 1990. Dalam kurun waktu 9 tahun PGAN Gorontalo dari 1961 sampai dengan 1990 telah banyak memberikan kontribusi dalam pengembangan Program Pemerintah mencerdaskan kehidupan bangsa.
Setelah beralih satatus dari PGAN Gorontalo menjadi MAN Gorontalo, maka dalam kurun waktu 12 tahun yakni dari Tahun Pelajaran 1990/1991 sampai Tahun Pelajaran 2002/2003 kembali mengukir sejarah perkembangannya menjadi MAN Model Gorontalo yang Ke-37 dari 38 MAN Model di seluruh Indonesia. Perubahan Status ini karena terbentuknya Provinsi Gorontalo yang terpisah dari Provinsi Sulawesi Utara. Di bawah kepemimpinan Gubernur Provinsi Gorontalo Bapak DR. Ir. H. Fadel Muhammad berdirilah Kantor Wilayah Departemen Agama provinsi Gorontalo di bawah kepemimpinan Drs.Hi. Mohammad Salim Aldjufri, M.Sos berdasarkan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama No. DJ.II/15/03, tertanggal 10 Maret 2003. Pengresmian MAN Model Gorontalo dilaksanakan pada tanggal 22 Mei 2003 oleh Bapak Dr.H. A. Qodri A. Azis, MA selaku Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama RI, yang kemudian berganti nama menjadi Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Kementerian Agama Repoblik Indonesia.